Do sự phổ biến của hệ điều hành, một số ứng dụng đã được phát hành nhằm cung cấp khả năng tương thích với các ứng dụng Windows, như là một lớp tương thích cho một hệ điều hành khác, hoặc là một hệ thống độc lập có thể chạy phần mềm được viết cho Windows. Bao gồm:

• Wine – phần mềm mã nguồn mở có chức năng tương đương của các hàm Windows API, cho phép vài chương trình ứng dụng Windows chạy trên nền x86 Unix, bao gồm cả Linux.
  • CrossOver Office của Codeweavers, cũng giả lập được hoàn toàn để các chương trình Windows có thể chạy trên các hệ điều hành khác.
  • Cedega (trước đây gọi là WineX) – là một nhánh của Wine thuộc sở hữu của TransGaming Technologies, được thiết kế chuyên để chạy các trò chơi viết cho Microsoft Windows trên Linux
• Mono và CLI chung mã nguồn – hệ thống tương đương với cơ sở Microsoft.NET.
• ReactOS – hệ điều hành mã nguồn mở được phát triển với mục tiêu là tương thích với các chương trình và trình điều khiển thiết bị của Windows NT, mặc dù vậy hiện tại vẫn còn đang trong giai đoạn phôi thai.
• Freedows và Alliance OS – một dự án có nhiều tham vọng, dự định là một bản sao của Windows và bổ sung thêm nhiều tính năng lợi ích nhưng đã thất bại.
• Project David – một dự án đầy tham vọng và đã gây nhiều tranh cãi với mục đích là giả lập hoàn toàn để các chương trình Windows có thể chạy trên các hệ điều hành khác.
• Captive NTFS – một phần mềm gói, dạng nguồn mở có tính tương thích cao hơn cho hệ NTFS.
• E/OS – với mục tiêu có thể chạy bất kì chương trình thuộc hệ điều hành nào mà không cần phải cài đặt thêm hệ điều hành đó